▼e-Wordsの解説によると…
トランザクション毎にデータベースへ反映させるのではなく、ある程度溜めてから反映させるということ。
チェックポイントというのは、この溜まった変更内容をデータベースに反映させるポイントのこと。
（参考）e-words.jp/w/%E3%83%81%E3%82%A7%E3%83%83%E3%82%AF%E3%83%9D%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%83%88.html
▼過去問道場の解説によると…
チェックポイントファイルは、コミットされたトランザクションをデータベースに書き出すときに、その情報を記録したファイルのこと。
（参考）https://www.fe-siken.com/kakomon/30_haru/q29.html
以上から、下記のように考えてみました。
① トランザクションコミットは、ログファイルに書き込まれ、どんどん溜まっていく
② チェックポイントが訪れる
③ データベースへ書き出すまえに、①の情報をまとめたファイルを作成 ← これが「チェックポイントファイル」？
④ チェックポイントファイルを基に、データベースへ変更が反映される
一方のバックアップファイルは、
メンテナンス作業等で、任意の時点で行われるバックアップファイルといったイメージでしょうかね。